¿Qué pasa si algún colaborador no marca los tiempos por alguna razón? (ejemplo: olvido, se le perdió el celular, se lo robaron o no tiene conexión a internet) ¿Puede afectar el cálculo de la nómina?

No, para casos de trabajadores asalariados no tendría ningún efecto en la nómina, siempre y cuando no existan horas extras por calcular.